Setelah tentera Majapahit gagal untuk menewaskan Singapura, keadaan negeri kembali aman. Paduka Seri Maharaja mula sedar betapa negerinya itu diancam serangan musuh. Baginda mempunyai beberapa orang penasihat yang terdiri daripada pembesar-pembesarnya untuk membantu baginda memerintah Singapura. Baginda selalu menerima nasihat dan buah fikiran pembesar-pembesar tersebut dalam membuat apa-apa sahaja keputusan dalam pemerintahan.
Istana yang terletak di puncak Bukit Larangan itu dikawal rapi siang dan malam. Para pembesar dan orang-orang biasa yang lainnya dilarang keluar dan masuk ke istana. Mereka hendaklah meminta izin baginda terlebih dahulu jika ada apa-apa urusan di istana itu. Sesiapa yang keluar dan masuk istana tanpa keizinan akan dihukum. Paduka Seri Maharaja memerintahkan para pengawal istana menjaga istananya dengan rapi.
Tersebutlah kisah seorang pengembara dari negeri Pasai yang dikenali sebagai Tun Jana Khatib, tiba di Singapura. Tun Jana Khatib memiliki pelbagai ilmu, selain bijak dalam ilmu dan hal-hal keagamaan.
Sewaktu Tun Jana Khatib tiba di hadapan istana, Raja Perempuan, permaisuri negeri itu, sedang berdiri di tepi tingkap istana. Raja Perempuan terpandang akan kehadiran Tun Jana Khatib itu. Tun Jana Khatib juga terpandang akan Raja Perempuan yang sedang berdiri di tepi tingkap. Timbul dalam hati Tun Jana Khatib untuk menunjukkan sedikit kepandaiannya. Dengan tenang, Tun Jana Khatib lalu merenung ke arah sebatang pokok pinang di halaman istana. Tidak lama kemudian, pokok pinang itu terbelah dua lalu tumbang.
Raja Perempuan itu begitu kagum dengan kepandaian Tun Jana Khatib itu. Tun Jana Khatib berlalu pergi sambil tersenyum. Pada ketika itu, seorang pembesar negeri telah memerhatikan gerak-geri Tun Jana Khatib yang menunjukkan kepandaiannya kepada Raja Perempuan iru.
Sebaik-baik sahaja Tun Jana Khatib berlalu pergi, pembesar negeri tersebut masuk ke dalam istana lalu terus menghadap Paduka Seri Maharaja. Pembesar itu pun mengkhabarkan perihal Tun Jana Khatib yang mereka katakan telah menunjuk-nunjukkan kepandaiannya di hadapan Raja Perempuan.
Paduka Seri Maharaja menjadi murka sebaik-baik sahaja baginda mendengar akan sembah para pembesarnya negeri itu.
“Lihatlah kelakuan Tun Jana Khatib yang tidak tahu akan dirinya, dia menunjuk-nunjukkan kepandaiannya di hadapan Raja Perempuan beta!”
Merah padam muka Paduka Seri Maharaja memberikan titah, “Dia tahu Raja Perempuan beta melihat ke arahnya sebab itulah dia hendak menunjuk-nunjukkan kepandaiannya itu!”
Para pembesar yang hadir itu tunduk kerana mereka tidak mahu bertentang wajah dengan Paduka Seri Maharaja yang sedang murka itu.
“Panglima, tangkap dan bunuh Tun Jana Khatib sekarang juga!”
Maka sekalian hulubalang diperintahkan menangkap Tun Jana Khatib. Tun Jana Khatib berada tidak jauh dari perkarangan istana. Tun Jana Khatib tidak melawan apabila para pegawai istana menahannya. Menurut pandangannya, dia tidak melakukan apa-apa yang buruk lagi kesalahan.
Tun Jana Khatib lalu digiring masuk menghadap Paduka Seri Maharaja yang sedang menantikannya di perkarangan istana. Tun Jana Khatib yang tidak menyangka apa-apa yang buruk itu lalu mengangkat sembah.
“Hei, Tun Jana Khatib! Sungguhlah kamu tidak sedar diri. Tahukah kamu, kamu telah menconteng aib di muka beta!” titah Paduka Seri Maharaja.
“Ampun tuanku, patik tidak melakukan apa-apa kesalahan apatah lagi mahu mengaibkan tuanku, ampun tuanku!” rayu Tun Jana Khatib membela dirinya.
“Bukankah tadi, kamu sengaja menunjuk-nunjukkan kepandaian kamu di hadapan Raja Perempuan beta? Kamu memang sungguh biadap!”
“Ampun tuanku, patik tidak bermasud begitu!” rayu Tun Jana Khatib.
“Datuk, bunuh Tun Jana Khatib sekarang juga!” titah Paduka Seri Maharaja. Baginda lalu memandang ke arah para pembesarnya, “Biar hukuman ini menjadi contoh bagi semua yang mahu mengaibkan beta!”
Semua yang ada di situ hanya berdiam diri mendengarkan titah Paduka Seri Maharaja. Sebahagiam mereka mengganggap hukuman dan tuduhan itu tidak berasas sama sekali. Namun mereka tidak membantah dan tidak mahu bersuara.
Tun Jana Khatib lalu diikat dan diheret ke tempat hukuman berdekatan dengan sebuah pekan. Dengan tangannya yang terikat dan mukanya ditutup dengan kain hitam, Tun Jana Khatib dibunuh oleh petanda yang menjalankan titah suruhan Paduak Seri Maharaja. Jerit sakit Tun Jana Khatib mengharukan semua yang mendengarnya sewaktu ditikam petanda itu. Darah yang mengalir daripada bekas luka di badan Tun Jana Khatib akibat daripada tikaman keris petanda itu mengalir dengan banyaknya tanpa berhenti. Namun, tanpa disedari ramai, angin bertiup kencang dan dengan tidak semena-mena, tubuh Tun Jana Khatib yang terikat dan ditiam itu hilang ghaib daripada pandangan orang ramai. Orang ramai yang menyaksikan pembunuhan kejam itu tertanya-tanya akan peristiwa Tun Jana Khatib yang dihukum bunuh itu hilang lenyap daripada pandangan mereka.
Seorang penjual kuih bingka yang berkedai tidak jauh dari tempat hukuman Tun Jana Khatib dijalankan mengambil sehelai daun pisang yang menutup kuih jualannya lalu menutup bekas darah Tun Jana Khatib yang masih basah di tanah itu. Dengan serta-merta, kesan darah yang basah di tanah itu bertukar menjadi seketul batu.
Maka menurut cerita orang ramai, sebaik-baik sahaja berlakunya peristiwa pembunuhan kejam Tun Jana Khatib itu, jasadnya yang ghaib telah ditemui terbujur di Pulau Langkawi. Jasad itu telah dikebumikan dengan segera oleh penduduk di situ.
Peristiwa yang pelik itu membuat sebahagian besar penduduk Singapura berduka cita dengan tindakan Paduka Seri Maharaja. Menurut mereka, peristiwa pembunuhan kejam itu dan jasad Tun Jana Khatib yang ghaib itu menandakan sebuah perkara buruk akan berlaku di Singapura. Rakyat semakin berasa sangsi dengan tindakan kejam Paduka Seri Maharaja itu.